尽管板翅式换热器在传热系数等方面具有很多优点，但由于制造材料使用铝合金，因此存在耐腐蚀性差、承压低等缺点。
1 水侧堵塞
因板翅式换热器肋片高都为厘米级，水侧极易堵塞，导致压降加大、工作能力下降。由于不能拆卸，清洗和检修很困难，故需保证换热器内部水质。建议使用除盐水或者生活用水，并且在冷冻水进入换热器之前加装高效过滤器。
2 空气侧结垢
长期运行会导致风侧积垢，影响换热器效率。因此在板翅式换热器之后安装一冲灰器，在换热器运行效率下降时，定期清洗。
3 冲 击
板翅式换热器水侧的流量快、压力大，极易造成冲击，产生漏点。为此采取了两种措施：(1)严格控制板翅式换热器冷水进口压力，一般压力不超过0．6 MPa；(2)在板翅式进出口使用导流片和封条，减缓水对肋片的冲击。
4 腐 蚀
由于换热器采用薄板铝材制造，一旦腐蚀造成内漏很难检修。在燃气轮机进气冷却系统中，换热器的热侧是大气，水侧是除盐水，腐蚀性较弱。换热器后安装的汽水分离器及其他设备，可以将漏水对燃气轮机压缩机叶片造成的影响降低
至最小。同时，通过监测冷冻水的流量变化，可以发现有无泄漏。
